Мисијата на МЖ Транспорт АД – Скопје е да управува со средствата за транспорт на Македонските железници на принцип на одржливост на општествените вредности, а во функција на давање на квалитетни, доверливи, економски и еколошки прифатливи услуги за превоз на патници, стоки и услуги на влеча на возови, а во согласност со потребите на заинтересираните страни.